W tych warunkach nie można się dziwić, że w XVIII wieku Gdańsk broni się wszelkimi siłami przed zaborczością króla pruskiego, który w układach rozbiorowych (I rozbiór) chce Gdańsk zagarnąć. Gdańszczanie nie chcą się oderwać od Rzeczypospolitej. Wobec niemocy Rzeczypospolitej Polskiej ślą protesty do rządów Anglii, Holandii, szukają pomocy u Rosji. Zwłaszcza lud prosty gromadzi się na miejscach publicznych, wykrzykując, że „woli raczej ginąć w zwaliskach zagrzebanego miasta niż przejść pod rządy pruskie”.

Tak drogie im były prawa i wolność, jakie im zapewniły rządy Rzeczypospolitej.

Na razie Gdańsk ocalał, a choć król pruski, zająwszy całe Prusy Królewskie, oderwał go od reszty Polski, choć gnębił cłami, Gdańsk trwa w dążeniu utrzymania się przy Polsce.

Toteż wieść o drugim rozbiorze przejmuje Gdańszczan rozpaczą. Gdy w 1793 roku wojska pruskie podstępują pod mury Gdańska, ludność miasta porywa się do obrony rozpaczliwej, chwyta broń z arsenału, ściąga na wały armaty, zaczyna bić w nadciągające wojsko pruskie; wzburzone tłumy otaczają ratusz, żądają walki z Prusami. Po kilku dniach wysiłków Gdańsk zostaje zajęty wśród milczącej rozpaczy ludu.
Ale już w kilka lat później, w 1797 roku, powstaje spisek przeciw Prusom, lud pracujący powstaje w porozumieniu zdaje się z Dąbrowskim, chce miastu przywrócić dawną swobodę.

Pozostający od 1793 roku pod rządami pruskimi Gdańsk upadł z wolna pod względem handlowym, chociaż był złączony jeszcze z Warszawą (Warszawa od 1795—1806 roku była pod rządami pruskimi), lecz odcięty od południowej Polski.

W 1807 roku w czasie zwycięskiej wojny Napoleona z Prusami, wojska francusko-polskie zdobywają Gdańsk. Dla Polaków ta walka ma na celu „rozwinięcie polskich chorągwi na brzegach Morza Bałtyckiego”. Gdańszczanie potajemnie porozumiewają się z oddziałami polskimi i radośnie witają wchodzące wojska, wyzwalające ich z niewoli pruskiej.

Napoleon jednak nie oddaje Gdańska stworzonemu przez siebie Księstwu Warszawskiemu, lecz ogłasza je wolnym miastem, niepodległym żadnemu państwu, port jego otwarty zostaje dla handlu wszystkich sprzymierzonych z Napoleonem narodów.

Wojny napoleońskie wyniszczyły Gdańsk, ludność zbiedniała zmniejsza się, miasto, oddzielone bowiem będąc od Polski przez tak zwane Prusy Królewskie, nie mogło z Polski czerpać towarów.

Po upadku Napoleona, w czasie narad pokojowych, Rada Miejska Gdańska śle swych przedstawicieli najpierw do Paryża, potem do Wiednia na Kongres, aby zapewnić Gdańskowi złączenie z Polską, „z którą jest nierozerwalnie związany Wisłą”. Starania te pozostały bez skutku. Gdańsk w 1815 roku został przez Kongres oddany Prusom.

Odtąd handel gdański nie mógł się rozwijać. Handel wywozowy z Polski i wwozowy do Polski utrudniony był granicą prusko-rosyjską, pobieraniem ceł przez komory — pruską i rosyjską. Prusy wolały zboże polskie i drzewo polskie zwracać do swoich ziem, przez Toruń i Kanał Bydgoski szło teraz zboże polskie na „berlinkach” ku Berlinowi, pomijając Gdańsk. Przez Hamburg i Szczecin wwożono do Polski drogo clone towary zamorskie.
Leniwie i sennie począł pędzić żywot kupiecki port gdański. Nad wodami Mołtawy, w znacznej części bezczynnie, stoją potężne spichrze, służba ich skończona, nie mieszczą już zboża polskiego. W gruz się rozpadają stare młyny.

Z dawnej wielkiej floty handlowej gdańskiej dziś nie ma śladu. Gdańsk posiada dziś zaledwie osiemnaście małych parowców.

Rząd pruski, chcąc podnieść Gdańsk, uczynił z Gdańska port wojenny, umieścił w nim komendę wojsk na Prusy Zachodnie, umieścił wiele biur urzędniczych, szkół, ale to wszystko nie podnosi Gdańska. Ten Gdańsk, który za czasów polskich liczył więcej mieszkańców niż Warszawa — osiemdziesiąt tysięcy — przez sto lat rządów pruskich powiększył swą ludność zaledwie dwukrotnie, gdy jednocześnie niemieckie porty: Hamburg doszedł do miliona, a mały dawny Szczecin do dwustu pięćdziesięciu tysięcy.

Przez te lat sto natomiast ulegał Gdańsk stałemu niemczeniu. Jeżeli za czasów polskich Gdańsk był polsko-niemieckim miastem, to jest Polacy stanowili w nim połowę ludności, dziś ludność ta wedle obliczeń niemieckich stanowi 3%, według obliczeń polskich około 10%.

Gdzie się ta ludność polska podziała?

Znaczna część zniemczona została przez szkołę niemiecką; od połowy XIX wieku język polski usunięto ze szkół gdańskich zupełnie (do 1855 roku język polski był jeszcze wykładany w jedynym gimnazjum gdańskim).
Poza tym władze pruskie, prześladując ludność polską, otoczyły specjalną opieką niemieckość: urzędy i prace publiczne (służbę na kolejach, pocztach, telegrafach itd.) oddawano wyłącznie Niemcom, dla zachęty do przenoszenia się z Niemiec powiększając pensje przez dopłacanie tak zwanych „dodatków kresowych”.

Gdy robotnicy polscy pozbawieni chleba musieli emigrować, wywędrowywać do Niemiec na zarobki, sprowadzono do Gdańska robotników i kolonistów niemieckich, dla zachęty budując im domki, zakładając kolonię. Hodowano tu sztucznie niemczyznę. Toteż dziś Gdańsk, pomimo wszystkie pamiątki polskie na murach gmachów gdańskich, wygląda jak miasto niemieckie, tylko na Targu Rybim, na przedmieściach słyszy się mowę kaszubską. Ale wystarczy wyjść poza mury Gdańska, aby zrozumieć, że jesteśmy na ziemi polskiej.