Po klęsce grunwaldzkiej Zakon chciał sobie wynagrodzić poniesione straty przez zyski pieniężne, biorąc w swoje ręce handel zbożem, zakupywał zboże polskie i drzewo polskie, wysyłając je dalej w świat, czym wywoływał niezadowolenie kupców i mieszczan gdańskich; dążyli oni stale do oderwania się od Zakonu, a przyłączenia do Polski. Toteż Gdańszczanie stają na czele spisku przeciw Zakonowi i w 1454 roku wiodą poselstwo pruskie do Kazimierza Jagiellończyka z prośbą, „aby te kraje, niegdyś Polsce zabrane, na powrót do niej przyłączył”. W czasie tej trzynastoletniej wojny nie żałują ani krwi, ani mienia, żeby się z rąk krzyżackich wyzwolić. Gdy tylko wojna się rozpoczyna, wypędzają zakonników z Gdańska, burząc ich zamek („gdy gbur nie chce mieć bociana na domu, gniazdo mu usunie”), wystawiają piętnaście tysięcy żołnierza, dają gotówką około pół miliona złotych (dzisiejszych trzydzieści milionów). Wspaniale przyjmują zjeżdżającego do Gdańska króla Kazimierza Jagiellończyka, znosząc mu na koszta wojny złoto, srebro, a nawet klejnoty bogatych mieszczanek gdańskich.
Otrzymuje też Gdańsk od króla polskiego znakomite przywileje: nie tylko rozszerzenie gruntów miejskich na żuławy nadwiślańskie, na rybacki półwysep Hel, zmniejszenie podatków, dochody z młynów, ale co najważniejsze — zupełny samorząd. Nie tylko mieć mogą własne prawo handlowe, bić własną monetę, ale władać portem, odmykać i zamykać port wiślany, rządzić w przystani, zawierać traktaty handlowe z państwami obcymi, strzec swego portu własną fortecą, dla jej obrony utrzymywać własne wojsko — był odtąd Gdańsk niejako wolną rzeczpospolitą handlową, nawet w herbie otrzymał od króla koronę królewską (nad dwoma krzyżami białymi w czerwonym polu).

Szybko rósł teraz handel Gdańska. Przez Gdańsk szły do Anglii: polskie zboże, mąka, drzewo dębowe i sosnowe, przychodziły do nas wytworne sukna angielskie; z Francji przywożono wino, oliwę, jedwab, dostarczając w zamian polskiego zboża, drzewa, płótna; do sąsiedniego Królewca (krzyżackiego) dostarczał Gdańsk soli polskiej. Chodziły też statki gdańskie do Holandii, Portugalii, wożąc drzewo, mąkę, ryby, a od drugiej połowy XVI wieku dochodzą okręty gdańskie ze zbożem polskim do Wenecji, zyskując w niej w 1594 roku specjalne przywileje dla kupców gdańskich. W XVI w. Gdańsk wywozi zboża polskiego za dwadzieścia milionów talarów, staje się najbardziej handlowym miastem na Bałtyku, na całej północy równać się z nim może tylko Amsterdam.

Przy wzroście bogactw rośnie też Gdańsk w piękności. W XV wieku i XVI pod rządami polskimi powstają w Gdańsku najpiękniejsze gmachy. Kościół Panny Marii (ukończony w 1503 roku), ratusz (1560 roku), ze złoconą figurą króla Zygmunta Augusta na szczycie wieży, Artushof z posągiem Kazimierza Jagiellończyka, Wysoka Brama z herbem Polski i Wazów. W XVI wieku też obok nędznych domków rybackich powstają, zamiast skromnych dworków miejskich, wspaniałe kamienice gdańskie („złote”).
Połączenie z Polską wpłynęło na wzrost miasta, rozwożącego po świecie płody ziemi polskiej. Toteż Gdańszczanie z jednej strony strzegli pilnie swych praw, zdobywali coraz to nowe przywileje — z drugiej strony wierni są Rzeczpospolitej. Zdobywają u królów polskich przywilej handlowy, iż tylko przez Gdańsk wwożone być może sukno flamandzkie, angielskie i zamorskie; że miasto Gdańsk wysyła posłów na narady nad obiorem króla (Zygmunta I) i od 1632 roku na sejm Rzeczypospolitej, ale nie chcą płacić pfalgeldu (cła), a uważając się za wyłącznie uprawnionych do żeglugi na Bałtyku, gdy król Zygmunt August flotę zbudował, Gdańszczanie ją zniszczyli, a „11 korsarzy królewskich” pojmawszy — ścięli.

Gdy jednak ten sam Zygmunt August na wojnę z Moskwą potrzebował pieniędzy, Gdańsk królowi trzy beczki złota ofiarował. Batoremu na wojnę z Moskwą pieniędzy i broni dostarczył. W czasie najazdu szwedzkiego za Jana Kazimierza dzielnie oblężenie przetrzymał, na namowy szwedzkie i powoływanie się na wspólność religii odpowiadając: „Nie damy wiary, aby Panu Bogu podobało się złamanie wierności.”

Gdańsk w owych czasach nie jest miastem niemieckim, jest polsko-niemieckim. Uboższa ludność, zarówno handlująca, jak rzemieślnicza, wyrobnicza i rybacka, była kaszubsko-polska, pozostawała jednak w zgodnym współżyciu z ludnością niemiecką. Bywały w Gdańsku walki między protestantami i katolikami, pomiędzy ubogą ludnością a bogaczami, lecz nie było walk między Polakami i Niemcami.

Ludność niemiecka Gdańska, żyjąc zbożem i bogactwami ziemi polskiej, czuła się mocno związana pod opieką państwa polskiego z polskością. Widać to w kulturze Gdańska. „W ustach ludu gdańskiego — pisze niemiecki historyk — język polski był wówczas (od XVI wieku) równie w zwyczajnym użyciu, jak niemiecki.” Znajomość języka polskiego była tak niezbędna dla każdego Gdańszczanina, że synowie najpierwszych rodów przed wstąpieniem do gimnazjum miejskiego posyłani byli na jakiś czas do miasteczek i wiosek, gdzie wyłącznie panowała mowa polska. W drukarniach gdańskich drukowano wiele dzieł polskich, a w XVII wieku (1656 rok) wychodzi w Gdańsku polska gazeta. Wielu też słynnych Gdańszczan, w tych czasach w Gdańsku żyjących, uważa się za „obywateli polskich” — na przykład Dantyszek, poeta, przyjaciel Zygmunta I, Hevelius — słynny astronom, który odkrytą przez siebie gwiazdę nazwał Tarczą Sobieskiego, fizyk Fahrenheit, historyk Lengnich, malarz Chodowiecki itd.