Dopiero Zakon krzyżacki w zaborczym swym pocho­dzie, w końcu XIII wieku, zajął te ziemie, doszedłszy w 1283 roku do południowej granicy dzisiejszych Prus Wschodnich.

Kraj był w znacznej części puszczą, przedstawiającą bogactwo zwierzyny, futer, ryb, pszczół, lecz bogactwo to nie było wyzyskiwane, bo puszcza była prawie nieza­mieszkała. (Prusowie bowiem wyginęli lub cofali się przed nieprzyjacielem ku Litwie. Piotr z Dusberga pisze w 1325 roku, iż kraj Gołędzian jest bezludny.)

Krzyżacy, chcąc z podbitych ziem ciągnąć korzyści ma­terialne, rozpoczęli kolonizację. Ludność, ściągana przez nich dla zaludnienia nowo zdobytych ziem, osadzaną była na prawie miejskim, wiejskim lub rycerskim. Rycerze, otrzymujący od Zakonu ziemię w lenno, obowiązywali się do służby rycerskiej, to jest „do brania udziału we wszyst­kich zwołaniach, wyprawach, obronie krajowej, kiedy, ile razy i dokąd Zakon wezwie”. Ponieważ Zakonowi chodziło głównie o to, aby ziemia jak najprędzej osadzona była ludźmi i oddana pod pług, żądał on, aby nabywca ziemi W oznaczonym przeciągu czasu osiedlił na niej ludzi; nie­jednokrotnie sam Zakon przeprowadzał kolonizację na pewnym obszarze, ściągając od osadników opłaty lub da­niny w naturze.

Kolonizacja miała na celu przede wszystkim zyski ma­terialne, nie robiono przeto różnicy w ściąganiu ludności ze względu na jej narodowość. Osadnictwo początkowo było wyłącznie niemieckie i szło brzegiem Bałtyku — i tu Niemcy osiedli zwartą masą. Dopiero w połowie XIV wieku ruch kolonizacyjny powiększa się, posuwa na południe, wśród puszczy powstają osady polskie — ma­zurskie.

Tempo, wzrost tego osadnictwa mazurskiego jest bardzo szybki. Zakon sam osadzał w puszczy bartników, nad je­ziorami rybaków, w lasach, przeznaczonych do trzebienia, rolników mazurskich, a z drugiej strony rycerstwo pol­skie, osiedlając się na ziemiach krzyżackich, sprowadzało ludność pracującą z sąsiedniego Mazowsza. W końcu XIV wieku, zdaje się, trzy narodowości: Prusowie, Niemcy i Polacy, były na tej ziemi liczebnie mniej więcej równe. W XV wieku osadnictwo niemieckie ustaje, polskie po­większa się. Na terytorium dzisiejszych Mazurów Prus­kich mamy bardzo liczne osady miejskie i wiejskie, w których żywioł polski przeważa, gromadzi się on zwłasz­cza koło Szczytna, Jańsborka, Rynu, Ełku, Margrabiowej, skąd w XVI wieku posuwają się Mazurzy dalej na północ do Lecu, Węgoborka i aż do Wystrucia. W 1506—7 roku kronikarz krzyżacki pisze, iż „mistrz ma prawie tylko polskich poddanych”.

Szlachta polska, osiadła w ziemiach Zakonu, zajmowała w państwie krzyżackim stanowisko bardzo poważne. Cho­ciaż niewielu mamy Polaków w liczbie członków Zakonu, względnie licznie spotykamy panów polskich na stano­wiskach dygnitarzy państwowych, lecz najżywszy udział szlachty polskiej w życiu publicznym spotykamy w dzie­dzinie działań wojennych i sądowych, a także w stosun­kach międzynarodowych, zwłaszcza w układach Zakonu z Litwą i Polską.

Gdy po przyjęciu chrztu przez Litwę Zakon stracił prawną podstawę do istnienia, gdy organizacja jego sła­bła, a wszystkie wysiłki zmierzały do zdobycia bogactw, gdy ucisk fiskalny Zakonu gnębił zarówno bogate han­dlowe miasta (zwłaszcza Toruń i Gdańsk), jak i dumną szlachtę — szlachta polska w ziemiach pruskich zawią­zuje Stowarzyszenie Jaszczurcze „dla pomocy wzajemnej we wszystkich sprawach uczciwych”. Jaszczurczycy, pomni na swe pochodzenie, nie zrywali węzłów swych z Polską i w 1410 roku byli w tajnym porozumieniu z Jagiełłą, niemało się przyczyniając do jego zwycięskiego pochodu w głąb państwa krzyżackiego.

Gdy stosunki w kraju zakonnym pogarszały się stale, gdy wszyscy tam jęczeli pod uciskiem bezprawia i gwał­tów, następuje ściślejsze połączenie szlachty i miast ku wspólnej obronie przeciw Zakonowi. Na akcie pierwszego związku (1440 rok w Kwidzynie) widzimy podpisy szlach­ty przeważnie polskiej, obok licznych podpisów mieszczan niemieckich. Nie może ulegać żadnej wątpliwości, że właśnie wpływy owej szlachty musiały skierować Związek Jaszczurczy do szukania pomocy u króla polskiego, ratunku w unii z Polską.

Po trzynastoletniej walce z Zakonem, na zasadzie po­koju toruńskiego (1466 r.), zachodnia część ziem zakon­nych (z Gdańskiem i Toruniem) przeszła do Polski; wschodnia pozostała przy Zakonie. W ziemiach pozosta­łych przy Zakonie kraj nadal przepełniony był żywiołem polskim. Stosunki jednak uległy znacznej zmianie. W rzą­dzie państwa zakonnego powstały wyraźne dążenia na­rodowościowe niemieckie, silniej jeszcze przejawiające się po sekularyzacji państwa krzyżackiego. Wskutek wzro­stu tych dążeń narodowościowych i warunków politycz­nych, starano się zerwać wszelkie stosunki między Pola­kami w Prusach Książęcych a Polską. Szlachta polska w Prusach Wschodnich mniej liczna, oderwana od wpły­wów ojczystych, ulegała coraz silniej wpływom niemiec­kim; ponieważ żywioł niemiecki przewyższał ją potęgą, bogactwem i kulturą, z wolna pod jego wpływem zniem­czyła się. Natomiast ludność mazurska miejska i wiejska, osiedlająca się stale coraz liczniej zbitą masą na południu, zachowywała i nadal swą odrębność narodową.

Po przyjęciu przez Krzyżaków protestantyzmu (w 1525) rozszerzył się on i w ziemiach Zakonowi podległych. Lud­ność mazurska zgodnie z hasłem; „czyja władza, tego reli­gia” — przyjąć musiała nową religię. W wielu osadach wprowadzano protestantyzm gwałtem, a opór ludności mazurskiej łamano krwawo (w Ełku, w Niborku itd.).

Rozszerzenie protestantyzmu pogłębiło przedział między Mazurami Pruskimi a resztą rodaków (wiele obrzędów katolickich ludność mazurska protestancka zachowuje do­tąd), nie wpłynęło jednak na wynarodowienie Mazurów. W kościołach mazurskich brzmią kazania polskie.

W pierwszych też latach protestantyzmu powstaje w Eł­ku drukarnia (trzecia w Prusach), w której pisma luterańskie drukują gotyckimi literami w języku polskim. W końcu XVI wieku język polski panuje jeszcze w szko­le. W Olsztynku (Hohensteinie) w szkole wyższej odby­wają się polskie wykłady; w Ełku istnieje też wyższa szkoła „dla Polaków”. W Niborku była szkoła polska, w XVIII wieku pod rektoratem Czernickiego i Krupiń­skiego tak rozgłośna, że przyjeżdżała tu młodzież z Gdań­ska i Królewca na naukę polską. Jak liczną była inteligen­cja polska w Prusach Książęcych, dowodzi wydawnictwo „Poczty Królewieckiej” — jednej z najdawniejszych gazet polskich (1718—1720 r.), tygodnika wychodzącego w Kró­lewcu.