Takie prawa nie podobały się niektórym wielkim panom, chcieli te prawa znieść, udali się o pomoc do carowej rosyjskiej. Carowa patrzyła niespokojnie na nowe urządzenia, odradzające Polskę; rada byłaby, aby w Polsce panował dawny nieład; toteż przysłała 100 000 wojska rosyjskiego, aby przywrócić dawny ucisk i samowolę panów.
Wojsko polskie stanęło do obrony nowych praw i urządzeń, do obrony wolności swego kraju. Na czele wojsk polskich stał książę Józef Poniatowski, a w armii jego Kościuszko był generałem dywizji. Armia polska, lubo nieliczna, źle uzbrojona, walczyła dzielnie, a w walkach tych Tadeusz Kościuszko odznaczył się o tyle, że zaraz na początku wojny otrzymał pierwsze w Polsce odznaczenie — order Virtuti Militari (cnocie rycerskiej); książę Józef pisze o nim w raporcie: „Ten generał był bardzo użyteczny, nie tylko przez swoje męstwo, ale przez szczególną roztropność.” Zwycięska bitwa pod Dubienką nad Bugiem, przez Kościuszkę stoczona, rozniosła po kraju imię Kościuszki.
Gdy nagle, niby piorun z jasnego nieba, uderzyła w naród i wojsko wieść, że król Stanisław August wszedł w umowę z Rosją, odstąpił od nowych praw, odstąpił od Konstytucji 3 Maja, nakazał wojskom złożyć broń.
Wojna była skończona. Generał rosyjski zaczął gospodarować w Polsce. Rozpacz żołnierzy nie miała granic. Książę Józef Poniatowski, wielu generałów i oficerów opuszczało służbę w wojsku polskim, udając się za granicę, nie chcąc służyć tym, którzy, idąc za rozkazem carowej rosyjskiej, burzyli i obalali wszystko, co pożytecznego ustanowił Sejm Czteroletni i Konstytucja 3 Maja.
Kościuszko podał się też do dymisji, pisząc, że dalsza służba w wojsku królewskim była „przeciwna jego przysiędze, wewnętrznemu przekonaniu”. A nie widząc w tej chwili żadnej nadziei uszczęśliwienia kraju, nie chcąc ugiąć głowy przed przemocą panującą w Polsce, postanowił iść na tułaczkę do Ameryki, „tam stanąwszy, prosić Opatrzności o stały, dobry i wolny rząd w Polsce, niepodległość naszego narodu, o cnotliwych, oświeconych, wolnych jej mieszkańców”.
Wyjeżdżając z kraju, siostrze swej i jej dzieciom oddaje Siechnowicze, pod warunkiem, że służbie (Zuzannie i Faustynowi) zapewnią do śmierci wygody, że pozostawią bez zmian wszystkie dogodności, jakie zarządził dla chłopów w Siechnowiczach, rad by był uczynić chłopów wolnymi, „bo w naturze wszyscy jesteśmy równi, a bogactwo tylko i wiadomości (nauka) czynią różnicę”. Ale urządzenia polskie na taką zmianę nie pozwalały. Radził siostrzeńcom, aby dzieci wychowywali w sprawiedliwości, uczciwości i honorze.
Pożegnawszy rodzinę, zdjął mundur generalski, odpasał pałasz, a westchnąwszy, aby „Bóg pozwolił mu jeszcze bić się za ojczyznę”, za którą „gotów by sto razy śmierć ponieść”, porzucił kraj po raz trzeci.
W kraju tymczasem na rozkaz carowej zwołano w roku 1793 sejm do Grodna, a tam groźbami i przekupstwem zmuszono większość posłów, aby się zgodzili na nowy rozbiór Polski, to jest, aby się zgodzili, że Rosjanie i Prusacy zabiorą znów znaczną część ziem polskich, zostawiając tylko mały kawałek z miastami Krakowem i Warszawą. Chociaż posłowie w Grodnie pod groźbami podpisali swą zgodę na ten rozbiór, choć wojska obce te ziemie zaraz zajęły, ale naród nie uznał tych wymuszonych postanowień, myślano o walce dla odebrania utraconych ziem, odzyskania utraconej swobody, wypędzenia wojsk rosyjskich z Polski.
We wszystkich zakątkach Polski ludzie, kochający gorąco ojczyznę, zaczęli porozumiewać się z sobą potajemnie, wiązali umowy, spiski, „tysiące osób bez różnicy płci, wyznania, stanu, słowem, cała patriotyczna Polska należała do Związku, który ciągle się szerzy”. Mieszczanie, którym Konstytucja 3 Maja dawała lepsze prawa, gotowali się do walki — porozumiewali się z wojskowymi, aby przywrócić Polsce wolność, wysyłali też często za granicę dla porozumienia się z tymi, którzy musieli przed prześladowaniem Rosjan za granicę się chronić.
Za granicą przebywali ci, którzy prawo 3 Maja stworzyli i tego prawa bronili. Wszyscy oni wierzyli, że klęski, nieszczęścia spadłe na Polskę nie są ostateczne, że pracą, poświęceniem zdołają wrogów z kraju usunąć. Radzili, jak pracę tę rozpocząć. Przywitali oni z radością Kościuszkę. Myśląc o walce z nieprzyjacielem, o powstaniu, chcieli, aby prowadził to powstanie, dowodził wojskiem Tadeusz Kościuszko. Zdawało im się bowiem, że ten, który w walce o wolność Ameryki, w wojnie polskiej 1792 roku nigdy własnej nie szukał korzyści, niósł życie w ofierze za wolność, najlepiej potrafi obmyślić sposoby ratowania Ojczyzny i poprowadzić swój naród do wolności.
Kościuszko zgodził się, ale mówił od razu, „za samą szlachtę bić się nie będę, chcę wolności całego narodu, dla niej chętnie życie oddam”.
Rozpoczął zaraz przygotowania do powstania. Wysłał listy tajne do wszystkich pułkowników wojska polskiego, aby sposobili żywność, gotowi byli tylko na rozkazy. Rozumiał jednak, że niewielkie wojsko nie wystarczy wobec olbrzymiej armii rosyjskiej; pamiętał, jak Amerykanie, nie mając prawie wojska, zwyciężyli w siedmioletniej wojnie Anglię, bo do walki z angielskim wojskiem stanął cały naród; wiedział, że w tym samym czasie we Francji lud, któremu nadano ziemię i prawa, szczęśliwy i kochający swą swobodę, potrafił obronić kraj przed olbrzymimi wojskami połączonych państw europejskich, „bo lud walczący o swoją wolność, szczęście — może zwyciężyć silniejszych od siebie wojskowo”. Chciał Kościuszko lud miejski i wiejski wezwać do walki, wiedział, że lud ten trzeba przygotować, wytłumaczyć mu, o co chodzi, a później dopiero walkę rozpocząć — wyznaczył tedy w każdej ziemi, w każdym powiecie obywatela, który miał przysposobić lud do powstania, przygotować dla wojska kosy, piki, sucharów przynajmniej na dni dziesięć.
Zanim jednak wszystko przygotowano — Rosjanie, pragnąc jeszcze zagarnąć resztę ziemi polskiej, zaczęli w Warszawie i w Wilnie aresztować najlepszych obywateli, którzy powstanie przygotowywali. Zmuszali Polaków do zmniejszenia i tak już małego wojska polskiego.