Armia rosyjska szybko zbliżała się ku Warszawie. Warszawa stała w przerażeniu i żałobie: najdzielniejsze wojska padły, wodzowie w niewoli, lecz najstraszniejszym ciosem była utrata wodza ukochanego, utrata Kościuszki. 20 000 mieszczan warszawskich rzuciło się ku obozowi rosyjskiemu dla odbicia Kościuszki. Najwyższa Rada Narodowa powstrzymała lud od tego zamiaru, nawołując do przygotowywania obrony — sypano bez przerwy okopy na Pradze.

Dnia 4 listopada Suworow podstąpił pod miasto, przypuścił szturm do Pragi. Lud i wojsko broniło rozpaczliwie szańców. Walka trwała krótko. Praga została zdobyta, resztki wojska polskiego schroniły się do Warszawy, paląc most za sobą. Rozpoczęła się rzeź bezbronnej ludności praskiej — straszna rzeź: kilkanaście tysięcy ludzi znalazło śmierć w tym okropnym dniu. Praga zmieniła się w gruzy i zgliszcza. Wojsko polskie było rozbite. Powstanie było skończone.

Rządy: rosyjski, pruski i austriacki, zawarły z sobą nową umowę, zabrały resztę ziem polskich (1795 r. — trzeci rozbiór), głosząc, że wyraz „Polska” zostaje na zawsze wykreślony.

Ciężko rannego Kościuszkę wraz z innymi jeńcami polskimi zawieziono do Petersburga. Tu dwa lata spędził w więzieniu wśród ciężkich udręczeń duszy. Myśl jego biegła ku towarzyszom trudów, ku żołnierzom, co z nim razem walczyli za kraj, a teraz siedzą zamknięci w tej samej fortecy petersburskiej lub liczą dni niewoli wśród śniegów Sybiru, lecz najstraszniejszym bólem i męką była Kościuszce myśl o losie kraju, który był pozbawiony obrońców.

Po śmierci carowej Katarzyny syn jej, car Paweł, zjawił się w więzieniu ze słowami: „Przyszedłem, generale, wrócić ci wolność.” Kościuszko zaczął mówić o „losie ojczyzny, która go obchodziła bardziej niż los własny”, która nie upadła, lecz podzielona została w chwili, gdy dążyć zaczęła do wewnętrznej rządności i wolności, gdy w powstaniu okazała tyle cnót i poświęcenia. Prosił cara o wyzwolenie wszystkich jeńców, a dla siebie o pozwolenie wyjazdu do Ameryki.

Opuszczał więzienie słaby, nie mogący się utrzymać na nogach. Car i jego rodzina prześcigali się w okazywaniu szacunku i hołdu jeńcowi polskiemu, odczuwali wielkość i piękność jego duszy.

Dnia 19 grudnia 1796 roku w towarzystwie przyjaciela, towarzysza i kolegi szkolnego, Niemcewicza, wyjechał z Petersburga. W drodze przez Szwecję i Anglię witano Kościuszkę z zapałem i czcią. Ten generał polski, pokonany przez nieprzyjaciela — witany był wszędzie jak bohater i zwycięzca. Imię Kościuszki znane było w całej Europie, zwano go „bohaterem wolności”, znano go jako tego, co walczył za wolność w Ameryce, co prowadził swój naród do życia w sprawiedliwej równości i swobodzie. Wszędzie (tłumy ludu witały wjeżdżającego, wszędzie najznakomitsi mężowie spieszyli do mieszkania Kościuszki, aby mu wyrazić cześć i uwielbienie. Lecz skromny zawsze Kościuszko wymawiał się od hołdów i odwiedzin (odmówił widzenia się z królem szwedzkim), nie pozwalał robić swych portretów, nie chciał, aby o nim pisały gazety. Mimo to gdy w Anglii siadał na okręt, który go miał powieźć do Ameryki, olbrzymie tłumy publiczności angielskiej zebrały się na brzegu, żegnając odjeżdżającego, zarzucając go kwiatami. Powitanie na lądzie amerykańskim było jeszcze gorętsze. W porcie Filadelfii tłumy go oczekiwały, lud wyprzągł konie i wśród okrzyków „niech żyje” powiózł do mieszkania.

Kongres Stanów Zjednoczonych wypłacił zaległą pensję generalską. Dawni przyjaciele, towarzysze broni, wznowili z nim serdeczne stosunki, a Jefferson, prezydent Stanów, w długich rozmowach obgadywał z Kościuszką zmiany potrzebne dla Ameryki. Kościuszko przede wszystkim mówił o niewolnikach murzyńskich; twierdził, że niewolnictwo nie może istnieć w wolnym kraju. Tu w Ameryce doszły Kościuszkę wieści z Europy — o Napoleonie, który z początku szedł zwycięski w imię wolności. Dowiedział się, że Polacy łączą się z nim, tworzą legiony, z hasłem: „ludzie wolni braćmi są”, walczą o wolność Włoch, aby stamtąd iść walczyć o Polskę. Bohaterski starzec po 8 miesiącach spokoju rzuca Amerykę, śpieszy do Francji, witany gorąco przez legionistów polskich, przez Włochów i Francuzów.

Nie wszedł do szeregów legionistów — bo nie ufał rządowi francuskiemu. Siedział jednak kilka lat we Francji; radził w sprawach Polski, pomagał, gdy czyn jakiś uważał za pożyteczny dla ojczyzny, gdy miał na celu obronę wolności i praw ludu; usuwał się od współpracy, gdy widział w nim krzywdę lub niesprawiedliwość. Kościuszko nie chciał służyć zaborcom, cesarzowi Napoleonowi nie wierzył — usunął się z Paryża, zamieszkał na Wsi pod Paryżem, a potem W Szwajcarii, w Solurze, w domu przyjaciół Zeltnerów. Tu spędził ostatnie lata życia, otoczony czcią i miłością ludu szwajcarskiego.

Ostatni jego czyn, ostatnia myśl o kraju dotyczyła ludu polskiego. Testamentem, podpisanym dnia 10 października 1817 roku uwalniał od poddaństwa chłopów w majętności swej na Litwie:

„Przenikniony prawdą, że poddaństwo jest sprzeczne z prawem natury i pomyślnością państwa”, „ogłasza włościan za wolnych obywateli kraju i właścicieli gruntów, uwalnia od wszystkich posług i danin”, wzywa ich tylko, aby „dla własnego pożytku i dobra kraju zakładali szkoły”.

Dnia 15 października oczy naczelnika zamknęły się na zawsze, przestało bić serce, co tyle kochało i tyle przecierpiało.

Okryte ranami zwłoki naczelnika przewieziono do Krakowa przy biciu wszystkich dzwonów, co brzmiały niby „ludu głosy”.

W grobach królewskich na Wawelu złożono trumnę tego, co był wodzem i królem narodu — a na błoniu nad Wisłą wzniesiono mu pomnik, wielką mogiłę z ziemi — którą lud polski potem, krwią i łzami od wieków zlewał.

Pamięć zmarłego bohatera uczciła uroczyście Szwajcaria, Francja, Ameryka — gdyż jak pisali Francuzi — „imię Kościuszki należy do całego cywilizowanego świata, a cnoty jego są całej ludzkości własnością”; stawiano pomniki na jego cześć, pisali o nim poeci i historycy. Bo nikt jak On nie oddał ukochania, życia całego: wolności, wolności człowieka każdego, wolności narodu i ludzkości całej. Wyrazy, wypisane na pieczęci powstańczej Kościuszki: „Wolność, równość i niepodległość”, zapisał w naszych dziejach czynami swymi i krwią swoją.

W okrzyku „Niech żyje Kościuszko”, kto słucha tego okrzyku duszą i sercem — usłyszy głos Kościuszki: „Niech żyje wolność, równość i niepodległość”, a w dzwonach, brzmiących na cześć Naczelnika, usłyszy wezwanie: „Ku wolności, równości i niepodległości.”